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如何使用开放的基因库


【2019-04-01】 【基因库】


基因库是什么?

GenBank®是美国国立卫生研究院的基因序列数据库,是所有公开可用的DNA序列的注释集合(核酸研究,2013年1月;41(D1):D36-42)。

GenBank是国际核苷酸序列数据库合作的一部分,包括日本DNA数据库(DDBJ)、欧洲核苷酸档案(ENA)和NCBI的GenBank。

这三个组织每天交换数据。


GenBank每两个月发布一次,可以从ftp站点获得。

GenBank当前版本的发布说明提供了关于GenBank即将进行的更改的发布和通知的详细信息。

以前GenBank版本的发布说明也可用。每个版本都提供了传统GenBank部门和WGS部门的GenBank增长统计数据。

每个版本都提供了传统GenBank部门和WGS部门的GenBank增长统计数据。


访问基因库

有几种方法可以从GenBank中搜索和检索数据。


搜索GenBank中的序列标识符和带有Entrez核苷酸的注释。

使用BLAST(基本的本地对齐搜索工具)搜索并对齐GenBank序列到查询序列。

BLAST独立搜索CoreNucleotide、dbEST和dbGSS;有关大量BLAST数据库的更多信息,请参见BLAST信息。

使用NCBI电子实用程序程序地搜索、链接和下载序列。

ASN.1和flatfile格式可以在NCBI的匿名FTP服务器上获得:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/ncbi-asn1和ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank。

基因库数据使用

GenBank数据库旨在提供和鼓励科学界获取最新和全面的DNA序列信息。

因此,NCBI对GenBank数据的使用或分发没有任何限制。

然而,一些提交者可能对他们提交的全部或部分数据主张专利、版权或其他知识产权。

NCBI无法评估此类索赔的有效性,因此不能就GenBank中包含的信息的使用、复制或分发提供评论或不受限制的许可。


保密

一些作者担心他们的数据在发表前出现在GenBank会影响他们的工作。

根据要求,GenBank将在一段特定的时间内暂停发布新提交的文件。

但是,如果登录号或序列数据在指定日期之前打印或在线显示,您的序列将被释放。

为了防止发布的序列数据出现延迟,我们敦促作者将发布数据的出现通知我们。

一旦有了完整的出版资料,请将所有作者、书名、期刊、卷册、页数和日期发送到以下地址:[email protected]


隐私

如果您正在向GenBank提交人类序列,请不要包含任何可能泄露源的个人身份的数据。

GenBank假定提交者在提交序列之前已获得任何必要的知情同意授权。


                
        

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